在若羌县南部，东接青海、南临西藏，面积为４．５平方公里，是我国目前最大的综合自然保护区。１９８３年建立。平均海拔４５００公尺以上。四周高山耸立，是高山环绕的封闭性盆地。其中野生动物之多，密度之大，为国内罕见。主要有野牦牛、藏野驴、羚羊、原羚、盘羊、岩羊及雪豹、猞猁、棕熊等，还有鹫雕、雪鸡、斑头雁等禽类。具有完整而原始的生态系统，在科学上有很高的研究价值。在阿尔金山自然保护区南半部，有一块面积约一万平方公里的山地，这里发育着大片有溶洞的古岩溶地貌，山石成林，千姿百态，堪称“高原桂林”。南面有一个形似鲸鱼的“鲸鱼湖”，湖面头部为咸水，而尾部却是淡水，非常奇妙。